Valdymo sistema yra pagrindinė vertikalaus apdirbimo centro sudedamoji dalis. Jis gauna operatoriaus komandas ir valdo įvairių mašinos komponentų judėjimą. Valdymo sistemose paprastai naudojamos didelio-tikslumo CNC sistemos, leidžiančios sudėtingus apdirbimo kelius ir tikslų padėties nustatymą. Tiksliai valdydami valdymo sistemą, vertikalūs apdirbimo centrai gali pasiekti didelio-tikslumo apdirbimo, žymiai pagerindami gamybos efektyvumą ir kokybę.
